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  • Foto do escritor PAULO ROSSETTI

A bioinformática e o seu papel significativo na caracterização do microbioma periodontal

Atualizado: 23 de jan.

Leitores de todo o mundo já perceberam a complexidade científica nos artigos que investigam as bactérias, ou melhor, o microbioma.


Essa nova gramática segue uma frase famosa que você aprendeu no segundo grau: Rei Filósofo Classificou Ordinário Famosos Generais Espartanos (Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Gênero, Espécie).


Isso mesmo: a ideia de criar uma nova taxonomia para as bactérias periodontais não é nova.


Até o início dos anos 1980, usávamos técnicas baseadas em corantes e formas. Nasceram as espécies: cocos, estafilococos, bastonetes, e tudo que se podia ver no microscópio óptico ou nos ensaios de cultura). Entretanto, as ciências médicas foram inundadas por novas tecnologias em biologia molecular. Uma ficou muito famosa, a PCR (reação em cadeia da polimerase).


A partir deste ponto, podíamos abrir e estudar o DNA do biofilme (fazer o sequenciamento) e criar cópias que, em outra oportunidade, seriam usadas como sondas, prospectando centenas de espécies bacterianas ao mesmo tempo: a tal da hibridização DNA-DNA.


Mas curiosidade na ciência é algo infinito. Então, passamos a estudar os genes do RNA ribossômico. Motivo? Também eram estruturas ribossômicas constantes para individualizar os tipos bacterianos.


Assim, outro termo comum encontrado nos artigos é o sequenciamento dos genes que codificam a porção 16S do rRNA. Isto gerava a diversidade e composição dentro do nicho bacteriano.


E como há microrganismos com sequências similares de DNA ao longo da fita, podemos classifica-los em OTUs (unidades taxonômicas operacionais).


Na técnica de PCR, se removermos os erros no sequenciamento, surgirão as ASVs (variantes sequenciais do amplicon), onde conseguimos categorizar ainda mais essas bactérias.


Além disso, a riqueza total de microrganismos na mesma amostra é conhecida como diversidade alfa. Ela significa dividir as OTUs pelas ASVs. A abundância relativa de microrganismos numa amostra (evenness) também mede essa diversidade alfa.


A diversidade beta é o número de espécies compartilhadas entre comunidades de microrganismos de amostras diferentes. A palavra PCA (análise do componente principal) está ligada à diversidade beta.


Graficamente, a PCA é um “céu” com nuvens de bactérias que se aproximam ou se afastam.


Em resumo, a biologia molecular e a bioinformática criaram um mapa de guerra para combatermos com mais precisão o biofilme periodontal.


Sempre que tiver dúvida, consulte seu dicionário de bioinformática.



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